Агия чакра е свързана с епифизната жлеза. До 50-те години на миналия век учените са я приемали за закърняла и без особено значение. Сега се знае, че това не е така. Тя е свързана с биологичните цикли в организма, денонощни и сезонни, контрола и цикличната секрецията на различни хормони - полови, надбъбречни, щитовидни. Дейноста й е свързана с поведението и емоциите при човека.
Хипофизата и епифизата жлези имат противоположно действие, като "включено-изключено", едната стимулира, другата подтиска. Епифизната жлеза е най-активна до пуберитета, като тя забавя неговото настъпване, след това действието й намалява. При отстраняването й половата зрялост при човека би настъпила на 4-5 годишан възраст. Целта на йога е да я задържи действаща, за да балансира силното действие на половите хормони и физическите усещания, които изцяло обсебват вниманието и поведението на юношите. Помага им да запазят с детското и творческото в себе си. Чудесна техника за това е Сурия Намаскара.
При микроскопски изследвания на епифизата са отркрити тъкани характерни за окото - недоразвита ретинална тъкан, стъкловидно тяло и т.н. Не случайно е наречена от йогите "Третото око". Двата основни хормона на епифизата са серотонин и мелатонин. Мелатонинът е свързан и със съня и заспиването, други вещества (бета-карболини) със сънищата и сънуването. Подобни на бета-карболините вещества са използвани от разни индиански племена в амазонската джунгла за достигане на разни психични състояния и друго съзнание. Серотонинът е отговорен за "рационалното" мислене у възрастните, различно от това при децата.
Правени са опити с веществото ЛСД-25 което се свързва със серотониновите рецептори и предизвиква халюцинации и различно възприемане на обкръжаващата действителност. Интересно, че ЛСД-25 няма никакво действие върху рецепторите, само ги блокира и пречи на свързването им със серотонина.
Много от йогийските техники, асани, пранаяма, упражнения за концентрация и медитация, дхарана и дхяна, са свързани със активирането и пробуждането на епифизната жлеза, Агия Чакра или "Третото око".